«Полония» была создана в 1911 году в результате слияния двух варшавских школьных команд. Название «Полония» происходит от латинского названия Польши. 19 ноября 1911 года команда провела свой первый матч – против «Короны», в котором уступила 3:4. Тогда же время команда обрела ставшие традиционными для нее цвета формы – черные футболки, красные трусы и белые гетры. Сочетание красного и белого цветов символизирует флаг Польши, а относительно происхождения цвета футболок мнения расходятся. По одной легенде, черный цвет был выбран в знак протеста и траура по потерявшей независимость и разделенной Польше, по другой, более прозаичной версии, человек, ответственный за приобретение комплекта формы, смог купить только черное обмундирование.

В 1917 году был сыгран первый поединок против «Легии», злейшего врага и конкурента «Полонии». Матчи между этими соперниками считаются главным национальным дерби.

В 20-е годы варшавский клуб дважды завоевывал серебро польского чемпионата, находясь, таким образом, в числе лидеров местного футбола. Неплохо выступала команда и в 30-е годы, когда несколько ее игроков проходили в состав сборной Польши.

«Полония» стала первым послевоенным чемпионом страны в 1946-м, а спустя 6 лет одержала победу и в кубке Польши, переиграв в финале «Легию». Однако на этом успехи команды на долгое время прервались. Курировавшее команду железнодорожное ведомство оказалось не в состоянии эффективно управлять клубом и «Полония» на многие годы погрузилась в пучину 2 и 3 дивизионов.

Возрождение настало в конце века. Обретя солидного спонсора, команда вновь вернулась в высшую лигу и выиграла сначала серебро (1998), а затем и золото чемпионата (2000). В том же 2000 году варшавяне сделали своеобразный хет-трик, победив также в кубке Лиги и Суперкубке страны. Но вскоре богатый покровитель оставил команду, и результаты пошли на спад. Через некоторое время «Полония» вылетела во 2-ю лигу, где выступала до 2008-го.

Перед стартом сезона 2008/2009 «Полония» объединилась с клубом «Дискоболиа» и благодаря этому вновь вернулась в высший дивизион.

Достижения:

чемпион Польши (1946, 2000), обладатель кубка Польши (1952, 2001), кубка Лиги (2000), суперкубка Польши (2000).