"Cerro Porteno" был основан 01 октября 1912 года Сюзаной Нуньес вместе с группой молодых людей, желающих иметь в своем районе футбольный клуб. В то время Парагвай жил в напряженной обстановке: нестабильность в правительстве была вызвана сильной конкуренцией между двумя ведущими политическими партиями: партией Колорадо и Либеральной партией. В связи с этим, организаторы клуба приняли решение использовать в цветах команды цвета противоборствующих партий - красный и синий (красные цвет - партия Колорадо, синий - Либеральная партии), как символ объединения и дружбы между парагвайцами. Впоследствие был добавлен еще и белый цвет, чтобы форма была похожа на цвета флага Парагвая.

Свое название клуб взял в честь победы в битве 19 января 1811 года в местечке "Cerro Mbae", названной после как "Cerro Porteno", в которой парагвайские войска вынудили бежать испанских командиров (в то время Парагвай был испанской колонией) и передать командование парагвайским представителям, которые добились значительных побед в борьбе с колонизаторами.

"Cerro Porteno" известен в Парагвае также, как "el club del pueblo" (общенародный клуб), поскольку большинство его игроков - выходцы из рабочих семей или более низких общественных классов, по сравнению, например, с конкурирующим клубом "Олимпия", чьи игроки всегда принадлежали к верхним классам. Поэтому, "Cerro Porteno" имеет в Парагвае самое большое количество сторонников.

За годы выступлений в высшем дивизионе парагвайского футбола, "Серро Портеньо" завоевывал значительное количество наград. Национальное первенство было выиграно 27 раз. Однако на международной арене клуб не блещет, несмотря на несколько хороших выступлений в Кубке Либертадорес, например, в 1973, 1978, 1993, 1998 и 1999, когда команда доходила до полуфинала.