В 1996 году на базе двух городских футбольных коллективов «Родина» и «Новатор», который за год до этого сделал "золотой дубль" (выиграл чемпионат и Кубок Московской области) образовывается коллектив для участия в Чемпионате России среди любительских футбольных клубов (т.н. 4-ая лига). С этого самого момента клуб, и получил незатейливое название ФК "Химки".

17 мая 1996 года в 18.00 стадион «Новатор» ликовал – более трех тысяч болельщиков стали свидетелями первого официального матча новой команды. Будущие любимцы вышли на поле в красных футболках, белых трусах и черных гетрах. С этого момента это стали клубные цвета химчан. В день первой официальной игры ФК "Химки", в рамках предварительного турнира в 4-ой лиге одолел подольскую команду со счетом 3:1. Автором первого "официального" гола в истории клуба стал Юрий Георгиевский.

Первым тренером ФК "Химки" был Владимир Михайлович Штапов, который в свое время провел 150 матчей за московское "Динамо", в том числе под руководством К.И. Бескова. До создания ФК "Химки" Штапов долгое время возглавлял химкинский "Новатор", с которым выиграл чемпионат (1992 и 1995) и Кубок Московской области (1995). Владимир Михайлович был жестким и требовательным наставником.

Именно под руководством Владимира Михайловича и был выигран дебютный для ФК "Химки" турнир. Схема турнира в первенстве 4-ой лиги была следующей: более 150 команд, разбитых на 10 зон, разыгрывали Первенство и Кубок России среди любительских команд. Победители всех 10-ти зон разбивались на две группы по 5 команд, и в каждой группе проходил однокруговой турнир. А затем команды, занявшие первые места в своих группах, в финальном матче определяли чемпиона России среди любительских клубов, а заодно и того, кто выйдет в третью лигу. Причем все матчи финального турнира проходили в одном городе. ФК «Химки» с блеском занял первое место в своей зоне, а затем, в Ульяновске, в финальном турнире стали чемпионами, получив вместе с золотыми медалями и дипломы мастеров спорта страны. Причем в финальном матче химчанам противостояли хозяева турнира ульяновская «Энергия». Основное, как и дополнительное время ни одной из команд успеха не принесло. И лишь блестящая игра голкипера Сергея Смелова, парировавшего три (!) одиннадцатиметровых позволила подмосковной команде праздновать победу.

И все-таки днем рождения профессионального футбольного клуба "Химки" считается 30-ое января 1997 года - в этот день было подписано Постановление "О создании некоммерческого муниципального учреждения ФК "Химки". На следующий, 1997 год команда с ходу заняла 2-ое место в третьей лиге, которое позволило ей выйти во вторую лигу.

В конце сезона 1997 года руководство клуба не стало продлевать контракт со Штаповым. Владимир Михайлович откровенно сослался на не достаток тренерского опыта. В итоге бразды правления временно были переданы старшему тренеру Игорю Ивановичу Бычкову. Но в этой должности Бычков пробыл немногим более месяца и в начале сентября, после неубедительных игр временно исполняющим обязанности главного тренера команды был назначен Равиль Сабитов. Перед сезоном 1999 года приставку ВРИО у Сабитова убрали. Пожалуй, именно при этом тренере футбольный клуб «Химки», а именно его инфраструктура и сама игра команды вышла на настоящий, профессиональный уровень. Уже тогда Равиль Сабитов в матчах сезона-1999 примеривался к выходу в Первый дивизион. Однако, больших успехов команда с ним не добилась, в итоге заняв 6-е место. Перед сезоном-2000 на место главного был приглашен Александр Михайлович Пискарев, который в свою очередь пригласил себе в помощники Виктора Евгеньевича Папаева. Руководство клуба еще до начала первенства не стало скрывать свою задачу по выходу в Первый дивизион. Но и при Пискареве команда показывала результаты, скажем так, не совсем адекватные тем финансовым затратам, которые осуществили в межсезонье. Как результат - отставка Пискарева в первой половине первенства. После этого у руля "Химок" стал бывший спартаковец Виктор Папаев. При нем команда словно ожила.

Таким образом, смена тренера, принесла свои плоды – в течение трех летних месяцев химчане не знали поражений и несмотря на неудачный старт, "Химки" в упорной борьбе с брянским "Динамо" заняли первое место в своей зоне. И для того, чтобы впервые в своей недолгой истории выйти в первый дивизион, им надо было одолеть в переходных матчах череповецкую "Северсталь". Первый матч - в гостях - закончился поражением гостей из Подмосковья 0:1. Ответный матч "Химки" выиграли 3:2, но за счет голов, забитых на чужом поле, дальше прошла "Северсталь". Так как задача, поставленная перед командой в начале сезона, не была выполнена, Папаев был уволен. Готовить команду к новому сезону, на тот момент - очередному во втором дивизионе (назначение тренера состоялось в ноябре 2000 года), было поручено Алексею Петрушину, тренировавшего с свое время московское «Динамо», а затем ярославский «Шинник». Петрушин готовил команду исходя из того, что играть, придется во втором дивизионе, однако через некоторое время произошли судьбоносные события: "Северсталь" отказалась от участия в первом дивизионе, и туда вместо нее ПФЛ допустила ФК "Химки". Так уже через пять лет после своего появления на свет ФК "Химки" добрался до второго эшелона российского футбола.

Наскоро проведенная селекция, как показал старт первенства, была явно неудовлетворительная – не было не игры, ни результата. Через некоторое время Алексей Петрушин покидает свой пост, сославшись на плохое состояние здоровья, и вновь под знамена подмосковного клуба призывается Равиль Сабитов. Ситуация постепенно выправляется, команда набирает турнирные очки и за тур до окончания первенства, после победу в Туле над местным «Арсеналом» «Химки» сохраняют для себя место в Первом дивизионе.

К следующему сезону команда готовилась очень тщательно. Помогать Сабитову в тренировочной работе были приглашены заслуженный мастер спорта Виктор Лосев и известный в прошлом голкипер Валерий Клейменов. Очень удачным для команды выдалось начало сезона-2002: «Химки» после стартовых туров расположились в лидирующей группе. Но к концу первого круга химчане растеряли турнирные очки и Сабитов покидает свой пост. Руководство клуба не стало искать на стороне нового тренера, в считанные дни команде был представлен новый наставник – Сергей Деркач до этого тренировавший «Химки-2». Стабилизировать турнирную ситуацию удалось не сразу, но выигрыш нескольких выездных игр позволил «Химкам» занять итоговое 7-е место. К следующему сезону команду готовил Сергей Деркач с новым своим помощником Василием Кульковым. Как никогда рано начали тот сезон химчане - 19 марта в матче ¼ финала Кубка России соперником выступил ФК «Ростов». Более опытные ростовчане одержали победу с минимальным счетом 1:0. Старт первенства «Химкам» дался с трудом, а затем и вовсе команда опустилась в нижнюю часть турнирной таблицы. Убедительной игры химчане не показывали и за два тура до окончания первого круга руководство клуба сменило главного тренера. Вместо Сергея Деркача на этот пост был приглашен Дмитрий Галямин, до этого работавший в смоленском «Кристалле» и при скудном финансировании смолян, сумел создать интересную команду. Работа Галямина в «Химках» запомнилась тем, что он сумел объединить команду и построить игру которая приносила результат.

Так во втором круге благодаря очкам добытых на чужих полях «Химки» ушли из опасной зоны и достойно завершили первенство. При этом стоит вспомнить ряд ярких игр, таких как с «Тереком» дома, когда химчане сумели обыграть одного из лидеров 3:2. Уже к окончанию сезона стало ясно, что Галямин в «Химках» не задержится, так как получил предложение помогать португальцу Артуру Жорже в столичном ЦСКА. Руководство клуба вновь не стало заниматься поисками нового главного и остановило свой выбор на Василии Кулькове, который и приступил к подготовке команды, к новому сезону-2004.

Шел обычный учебно-тренировочный сбор на Кипре, когда в феврале произошли изменения в руководстве клуба. Пост генерального директора клуба занял Николай Гелюк, до этого работавший в «Сатурне», а вместе с ним пришел и новый наставник – Владимир Шевчук. Времени для полноценной селекции у штаба Шевчука оставалось крайне мало, поэтому ставка была сделана на аренду игроков в других клубах. Прекрасно понимая свои возможности, новое руководство клуба определило задачу для команды в сезоне, как – место в десятке. Впоследствии игра и результаты вполне это и отражали. Однако, как говориться «аппетит приходит во время еды» и дозаявочную кампанию «Химки» проводят просто блестяще. После этого пришлось менять задачу и говорить о месте в первой пятерке. У команды появилась убедительная игра, а ней в копилку стали сыпаться и столь необходимые турнирные очки. Через некоторое время президент Владимира Стрельченко, решился на серьезную реорганизацию - в клуб была приглашена команды опытных футбольных менеджеров во главе с Михаилом Щегловым, который занял пост генерального директора. Через некоторое время пост главного тренера занял известный в прошлом футболист киевского «Динамо» Павел Яковенко. Команду сразу же пополнили новые футболисты такие как Георгий Ломая, Александр Данишевский, Виталий Гришин, Павел Погребняк. И пусть у «Химок» не получилось сходу вмешаться в борьбу за одну из путевок в Премьер-лигу, но то, что подмосковный клуб уже в следующем сезоне 2005 года рассматривался как один из главных претендентов, сомневаться не приходилось. В декабре 2004 года происходит главная сенсация межсезонья - ФК «Химки» подписывает контракт с Андреем Тихоновым. Чуть позже к команде присоединяются еще несколько новичков. Первый матч сезона химчане проводят во Владикавказе против «Алании» и выигрывая его со счетом 2:0 лишний раз доказывают что коллектив собран для серьезных задач. Хотя старт первенства команда, можно сказать провалила сыграв вничью с читинским «Локомотивом» и уступив дебютанту турнира «Амуру» из Благовещенска. Весной химчанам пришлось выступать сразу на два фронта в Кубке страны и в первенстве. Особенно команде удался кубковый путь до финала. На пути к нему были повержены такие клубы Премьер-лиги как «Алания», московское «Торпедо», пермский «Амкар». Апогеем этого турнира стал майский финал на стадионе «Локомотив» где «Химкам» противостоял новоиспеченный обладатель Кубка УЕФА столичный ЦСКА. В ходе игры химчане заставили армейцев понервничать – красно-синие лишь во втором тайме смогли забить мяч и с трудом удержали свое минимальное преимущество. В июне одержав 5 побед в первенстве «Химки» подтянулись к группе лидеров, но в заключительных играх в Махачкале с «Динамо» и в Нальчике набрали лишь одно очко и закончили первый круг на 8-м месте. Во втором круге первенства химчане на своем поле ни разу не проиграли, но в 11-ти выездных поединках лишь 6 раз праздновали победу. Особенно больно по турнирному положению команды «ударил» выезд по маршруту Новокузнецк – Новосибирск где химчане проиграли оба матча. Теоретически еще оставался шанс выиграть вторую путевку в Премьер-лигу, но три ничейных поединка, в Орле и дома с махачкалинским «Динамо» и «Спартаком» из Нальчика, в итоге оставили «Химки» на четвертом месте в турнирной таблице. Но стоит отметить, что это самое высокое место, какое занимал клуб за всю свою историю выступлений в первенствах страны.

Заканчивался 2005 год. Волею различных обстоятельств команду покинуло большинство футболистов, закончил в Химках свою работу и весь тренерский штаб во главе с Павлом Яковенко. В составе осталось несколько футболистов. В том числе и такая харизматическая для нашего футбола фигура как Андрей Тихонов.

С начала 2006 года некоторые СМИ предрекали "Химкам" чуть ли не крах в наступающем сезоне. Тем не менее руководство клуба прежде всего направило свои усилия на поиск главного тренера команды. В итоге было названо имя наставника - Владимир Казаченок.

С декабря месяца началась селекционная работа. И вот уже ряды команды пополнили такие опытные игроки, как Владимир Бесчастных, Юрий Дроздов, Роман Березовский, Андрей Кондрашов, Дмитрий Ляпкин, Эдуард Мор. На сборах, проведенных в Хорватии, постепенно вырисовывался основной состав команды, ее костяк.

Матчем в Воронеже 26 марта 2006 г. ФК "Химки" начал свой победный путь в первенстве страны. В первых девяти матчах победы чередовались с ничейными результатами. Было и обидное поражение в Астрахани. И все же к 11-му туру команда обосновалась в первой пятерке в турнирной таблице, а следующие три победы вывели химчан на твердое 2-е место.