Клуб был основан 28 декабря 1965 года, когда футбольный дивизион СК Эмпор Росток отделился и новый ФК Ганза Росток был образован. Предыдущая команда СК Эмпор Росток была образована в 1954 году, и ей приказали переселиться в Росток, чтобы образовать сильную команду, играющую на новом стадионе Ostseestadion.

1960-е годы были самым успешным временем для клуба. В 1962-64 годах команда три раза становилась вторым чемпионом в восточно-немецкой премьер лиге, Оберлига, а также четыре раза проиграла в финале Кубка восточной Германии.

В 1970х годах клуб в основном заканчивал в нижней половине таблицы, и на некоторое время переводился в низший дивизион.

В 1980х годах успех вернулся, особенно, когда клуб удивительно стал чемпионом последней Оберлиги( после объединения Германии был переименован в NOFV-Oberliga) в 1991 году, а также выиграв первый раз Кубок Восточной Германии. Клуб, таким образом, заслужил право на Бундеслигу.

Однако, проведя один год в первой лиге, они перешли во вторую лигу, но смогли вернуться в первую лигу в 1995 году, и остаются там уже девять лет.

Несколько известных немецких футболистов были воспитаны ФК Ганзой Росток, но их пришлось продать более богатым клубам таким, как Байерн Мюнхен или Боруссии Дортмунд, самые известные из них Стефан Байенлих и Оливер Нойвилле.

Болельщики

По мнению болельщиков ФК Ганза Росток занимает четвертое место в Германии( после Байерн Мюнхен, Боруссия Дортмунд и Шалке 04).Клуб имеет около 3.8 миллионов болельщиков.

Стадион

Старый стадион Ostseestadion был построен в 1954 году, с участием несколько сотен граждан Ростока, которые помогали бесплатно.
В 2001 году был завершен новый 30000-местный стадион.