История
Клуб был основан 15 февраля 1901 года как "Спорт Альянса" группой молодых рабочих конного клуба под названием "Alianza", пренадлежащего прежнему Президенту Перу Augusto B. Leguia. Поэтому, первая униформа состояла из вертикальных зеленых и белых полос, подобных униформе жокеев клуба. Уже позже она была изменена на теперешнюю однотонную темно-синию с белыми вертикальными полосами. Дружба между игроками явилась поводом выдумки прозвища клуба - "Los intimos", что в переводе означает " близкие друзья". В то время клуб располагался в деловом центре Лимы. "Alianza" впервые приняла участие в перуанской футбольной лиге в 1912 году, а выиграла первое звание чемпиона лишь в 1918 году. Уже с первых лет "Спорт Альянса" становится популярной командой, имеющей хорошую поддержку болельщиков.

Радость и разочарование
Пока конный клуб "Альянса" непрерывно менял владельцев и места расположения, команда была вынуждена тоже перемещаться. Это происходило вплоть до 1928 года, когда под новым названием "Альянса Лима" команда окончательно не обосновалась в третьем блока авеню "Manco Capac" в La Victoria District. В этом же году "Альянса" впервые сыграла против команды "Университетская Федерация" ("Federacion Universitaria"), в настоящее время известной под названием "Университарио". Встречи мажду этими командами сегодня - это наиболее важное Перуанские дерби. В 30-х годах прошлого века команда испытала радость, выиграв подряд три чемпионских титула (1931, 1932 и 1933); и разочарование, покинув в 1938 году Первый дивизион. Однако, уже в следующем году "Альянса Лима" реабилитировалась, вернувшись в элиту перуанского футбола, где и играет по настоящее время.

Титулы
В период с 1940 по 1980 годы "Альянса Лима" традиционно боролась за самые высокие места в чемпионате Перу и смогла выиграть 10 чемпионатов, в том числе подряд два - в 1977 и 1978 годах. В эти годы национальная сборная Перу почти полностью была сформирована из футболистов этого клуба. У команды появился собственный стадион - "Estadio Alejandro Villanueva".

Трагедия восьмидесятых
Восьмидесятые годы, вероятно, были наиболее горькими в истории клуба. В течение первых лет, несмотря на наличие в команде очень хороших игроков, "Альянса Лима" не могла стать чемпионом. В тот период доминировал другой популярный клуб Перу - "Спортинг Кристал" ("Sporting Cristal). В 1987 году "Альянса Лима" была близка к заваеванию очередного титула, но случилась трагедия. 7 декабря этого года команда поехала Пукаллпу, чтобы провести выездную встречу первенства против "Deportivo Pucallpa". Матч был выигран со счетом 1:0, благодаря мячу, забитому Карлосом Бустаманте. Для поездки был заказан чартерный рейс самолетом вооруженных сил Перу "Фоккер F27". Обратный рейс состоялся 8 декабря. Вот тут-то и произошло то ужасное событие, которое не забудет никто в Перу. Не долетев всего несколько километров до столичного аэропорта, самолет разрушился и упал в море. Единственным уцелевшим оказался пилот самолета, а все игроки и тренерский персонал погибли.

"Альянса Лима" заканчивала первенство, играя юношеским составом с участием нескольких игроков чилийского клуба "Коло-Коло", который пострадал в аналогичной трагедией и предложил свою помощь. С тех пор дружба между этими командами стала прочной. "Альянса"не смог удержать лидерство в сильной конкуренции с "Депортиво Университарио", который и стал чемпионом.

Клуб был близок к вылету в низший дивизион в 1988 году, но в последних матчах ему удалось поправить свое турнирное положение. "Засуха" чемпионства спустя 18 лет была прекращена в 1997 году, когда "Альянса" вновь стала чемпионом. А в начале 2000 года в вновь произошла трагедия, правда, локального характера - в автомобильной катастрофе погиб молодой капитан команды Сандро Байлон.

В 2001 году клуб отпраздновал свое столетие и в подарок болельщикам выиграл чемпионский титул в трудной борьбе с "Сьенсиано". Все решилось в очной встрече между этими клубами после серии 11-ти метровых ударов. Два очередных титула были завоеваны в 2003 и 2004 годах уже под руководством аргентинского тренера Густаво Костаса. Конкурентом "Альянсы" был тогда "Спортинг Кристал".